地名由來：“馬頭”曾作為當(dāng)?shù)匾豁?xiàng)重要水工建筑，起分流引水，調(diào)節(jié)水量作用。因形似馬的頭部稱“馬頭”。后因與漕運(yùn)有關(guān)傳稱為“碼頭”。2018年恢復(fù)“馬頭”之名有利于傳承古地名文化，打造運(yùn)河歷史文化名鎮(zhèn)和現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技示范鎮(zhèn)。
2018年12月，第二批江蘇省生態(tài)文明建設(shè)示范鎮(zhèn)村名單出爐，馬頭鎮(zhèn)上榜。
2015年7月，馬頭鎮(zhèn)入選第三批全國特色景觀旅游名鎮(zhèn)名村示范名單。
2014年6月，環(huán)境保護(hù)部授予馬頭鎮(zhèn)2012—2013年度國家級生態(tài)鄉(xiāng)鎮(zhèn)稱號。
淮陰縣轄鎮(zhèn)。1957年為碼頭鄉(xiāng)，1958年改公社，1983年復(fù)置鄉(xiāng)，1987年建鎮(zhèn)。位于縣境西南部，距縣城12公里。面積33平方公里，人口2.5萬。運(yùn)河、張福河、廢黃河自西向東平行穿過。轄碼頭、二閘、泰山、桃園、鄭臺、張莊鎮(zhèn)、玉壩、太平、新河、大溝、仲馬、惠民、陶閘、舊縣14個(gè)村委會和碼頭1個(gè)居委會。農(nóng)業(yè)以種植業(yè)為主。特產(chǎn)湯羊肉。古跡有韓侯故里、漂母墓、釣魚臺等。漢初淮陰侯韓信、西漢辭賦家枚乘、枚皋父子均出生于此。
漂母墓
興漢三杰之一的韓信，出生在淮陰縣碼頭鎮(zhèn)。韓信年少落魄時(shí)，垂釣腹饑，漂母曾無代價(jià)地供給他飲食，一連數(shù)十天，韓信非常感激，發(fā)誓說將來一定要報(bào)答她，漂母不高興地說:大丈夫不能自己養(yǎng)活自己，我是可憐
歷史沿革：
民國期間，碼頭曾為縣直屬鄉(xiāng)，后為淮陰縣一區(qū)所轄，另有一部分屬二區(qū)所管。
建國初，碼頭先后屬王營區(qū)，城南區(qū)。
1957年撤區(qū)并鄉(xiāng)時(shí)，改稱碼頭鄉(xiāng)。
1958年改稱碼頭人民公社，1983年又稱為碼頭鄉(xiāng)，1987年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，改稱碼頭鎮(zhèn)。
2018年7月，淮陰區(qū)部分行政區(qū)劃調(diào)整，以原碼頭鎮(zhèn)、吳城鎮(zhèn)、凌橋鄉(xiāng)行政區(qū)域，設(shè)立馬頭鎮(zhèn)。