地名由來：明末清初，廢黃河潰決，灘地只留3棵柳樹，名三棵樹，現稱三樹。
2023年1月，江蘇省愛國衛(wèi)生運動委員會命名三樹鎮(zhèn)為2022年度江蘇省衛(wèi)生鎮(zhèn)。
2021年1月，江蘇省生態(tài)環(huán)境廳命名三樹鎮(zhèn)為第三批江蘇省生態(tài)文明建設示范鎮(zhèn)村。
淮陰縣轄鄉(xiāng)。1957年為三樹鄉(xiāng)，1958年改公社，1983年復置鄉(xiāng)。位于縣境西部，距縣城15公里。面積35平方公里，人口2.2萬?；?陰)蔣(集)公路和躍進河縱橫境內。轄三樹、樹南、丁大-莊、汪梨園、汪洼、樹西、樹北、四門閘、黃華、張橋、杓股、陸庵、仲莊13個村委會。農業(yè)主產水稻、小麥等。
歷史沿革：
民國時期三棵樹屬淮陰縣第四區(qū)，解放后縣人民政府命名為三樹區(qū)，1957年撤區(qū)并鄉(xiāng)時，設三樹鄉(xiāng)。
1958年改為三樹人民公社。
1983年9月，從三樹公社劃出西庵、毛湖、三堡三個村與蔣集、楊莊的8個村成立凌橋鄉(xiāng)，三樹公社恢復三樹鄉(xiāng)名，2000年蔣集鄉(xiāng)并入，2002年，撤鄉(xiāng)改鎮(zhèn)。