地名由來：牟子場創(chuàng)自明代，前清重建。傳說，此地原為荒壩，牧童經(jīng)常在此放牛，牛聲哞哞，故名牟子場。又一說，此地盛產(chǎn)大麥，因而得名。
2021年10月，南京大學(xué)空間規(guī)劃研究中心、阿里研究院聯(lián)合發(fā)布2021年淘寶鎮(zhèn)名單，牟子鎮(zhèn)榜上有名。
2020年9月，阿里研究院公布2020年淘寶鎮(zhèn)，牟子鎮(zhèn)榜上有名。
2019年，撤銷關(guān)廟鄉(xiāng)，將其所屬行政區(qū)域劃歸牟子鎮(zhèn)管轄。調(diào)整后，牟子鎮(zhèn)轄牟子場社區(qū)、白果村、武皇村、老龍村、菜利村、強鳴村、槐子村和原關(guān)廟鄉(xiāng)所屬行政區(qū)域，牟子鎮(zhèn)人民政府駐龍馬路939號。
歷史沿革：
牟子鎮(zhèn)古稱牟子鋪又稱牟子場、蘿卜場。
牟子據(jù)民國《樂山縣志》記載“牟子場創(chuàng)自明代，清重建，史上在此設(shè)牟子鋪為商業(yè)、絲綢、油、鹽、酒、鍋等物通仁、井、省坦大道”。
1934年屬平羌鄉(xiāng)，1952年置晨東鄉(xiāng)、關(guān)廟鄉(xiāng)、牟子鄉(xiāng)。
1955年將晨東鄉(xiāng)的全部，關(guān)廟鄉(xiāng)的4個村劃屬牟子鄉(xiāng)。
1958年又將關(guān)廟鄉(xiāng)的全部劃屬牟子鄉(xiāng)建立紅旗公社，轄6個管區(qū)，1個蔬菜農(nóng)場。
1959年，又將紅旗公社分為牟子公社和關(guān)廟公社。
1984年改牟子公社為鄉(xiāng)。
1992年調(diào)整鄉(xiāng)鎮(zhèn)建制，撤銷牟子鄉(xiāng)，新建牟子鎮(zhèn)，將關(guān)廟鄉(xiāng)并入牟子鎮(zhèn)。
1999年將牟子鎮(zhèn)分為牟子鎮(zhèn)和關(guān)廟鄉(xiāng)。
2019年12月，將牟子鎮(zhèn)翡翠社區(qū)、溝兒口村、馬邊河村、三橋村所屬行政區(qū)域劃歸全福街道管轄并撤銷關(guān)廟鄉(xiāng)改屬牟子鎮(zhèn)。