地名由來：因馬店位于霍邱、固始兩縣交界處。相傳，北宋年間，兩縣知縣關系十分友好，經常騎馬從羊山（境內一小山名）腳下，丁字路口經過，后一戶人家在此開一小店，供應茶水，代鍘馬草。有一知縣路過此處，休息喂馬，知縣問其店名，店家回答“無名”，知縣隨道：那就叫“馬扎店”吧。以后住戶增多，莊農多來集散，簡稱馬店。
2020年12月，馬店鎮(zhèn)入選2020年度安徽省森林城鎮(zhèn)。
霍邱縣轄鎮(zhèn)。1949年建馬店鄉(xiāng)，1958年成立公社，1983年改鄉(xiāng)，1984年撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)。位于縣境西部，距縣城28公里。面積105平方公里，人口3.6萬。長(集）南(照）、城(關）馬(店）公路交會于此。轄水圩、西樓、五崗、溜山、泉水、煤山、黃橋、李西圩、馬井、鞍北、鞍東、謝店、張井、陳山、馬山、陸山、茶庵、茶臺、金田、芙蓉20個村委會。以農業(yè)為主，產水稻、小麥、油菜子。鎮(zhèn)辦企業(yè)有磚瓦、石料等廠。境內地下礦藏有磷、石灰石、石煤、白云石等。全國最大的封建地主之一李夢庚莊園(李家圩)在鎮(zhèn)境內，屬省級文物保護單位。
歷史沿革：
1949年7月建馬店鄉(xiāng)；1958年10月成立人民公社時取名馬店人民公社；1983年9月改為馬店鄉(xiāng)；1984年11月撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，為馬店鎮(zhèn)。