地名由來：據(jù)傳，清代時在附近有一位余姓大戶投資建了一處店子，很多商家常在此開殿貿(mào)易，后因商業(yè)競爭，在此店子謀生的一群商戶與余姓大戶之間發(fā)生了沖突，受到排擠而離開，于是離開的商戶們在該處自籌資金修建了一處店子，并與余姓大戶開展了競爭，當?shù)氐娜水a(chǎn)就將余姓人家的店子稱為老店子，將此處的店子稱為新店子，并圍繞新老店子各自逐漸形成了場鎮(zhèn)。新店子為一名移交后經(jīng)雅化，用作鎮(zhèn)名。
2023年1月，四川省愛衛(wèi)辦確定新店鎮(zhèn)為2022年四川省衛(wèi)生鄉(xiāng)鎮(zhèn)（街道）。
2021年3月，眉山市2020年度鄉(xiāng)村振興先進鄉(xiāng)鎮(zhèn)（街道）名單出爐，新店鎮(zhèn)上榜。
2014年7月，農(nóng)業(yè)部認定新店鎮(zhèn)為第四批全國一村一品示范村鎮(zhèn)（九道拐柑橘）。
“中國清見之鄉(xiāng)”——新店鄉(xiāng)地處仁壽東大門，東與資中配龍鎮(zhèn)連界，南與仁壽縣雙堡鄉(xiāng)連界，西與仁壽縣禾加鎮(zhèn)連界，北與仁壽縣中農(nóng)鎮(zhèn)為鄰。鄉(xiāng)人民政府駐新店鄉(xiāng)板橋村。富（加）順（河）公路穿境而過。場鎮(zhèn)距仁壽縣城45千米。距成渝高速公路球溪站18公里。清見，被譽為“柑橘皇后”。新店鄉(xiāng)1996年開始種植優(yōu)質(zhì)清見水果，是全川清見的發(fā)源地，經(jīng)過了十多年的堅持和努力，積累了豐富的種植經(jīng)驗和管理方法，種植規(guī)模14000畝，清見產(chǎn)業(yè)成為支柱產(chǎn)業(yè)。新店清見于2006年通過國家工商總局注冊“九道拐”商標，2009年由中國果蔬論壇組委會授予“中國清見之鄉(xiāng)”稱號。2010年12月，新店清見合作社被國家農(nóng)業(yè)部評為“全國農(nóng)民專業(yè)合作社示范項目單位”。2011年7月，新店鄉(xiāng)優(yōu)質(zhì)清見基地被中國科協(xié)、財政部評選為“2011年全國科普惠農(nóng)興村計劃先進集體”2011年12月，清見果業(yè)合作社成功拿到了《有機轉(zhuǎn)換產(chǎn)品認證證書》清見產(chǎn)品銷往廣州、北京和東南亞、俄羅斯等國內(nèi)外市場，倍受青睞。
全鄉(xiāng)面積32平方公里，轄1個居委會，9個行政村，58個經(jīng)濟社，總?cè)丝?.1萬人。2012年躋身于天府仁壽現(xiàn)代農(nóng)業(yè)（萬畝有機清見）示范基地，也是天府仁壽生態(tài)基地。“新店”二字源于“新店子”。據(jù)說，資中縣配龍鎮(zhèn)（棗樹鄉(xiāng)）有一位姓余的大戶人家投資建了一個小集市，后來臨村的王家心有不服，在新店建成一個小集市而取名“新店子”，而后幾經(jīng)演變成為今天的新店鄉(xiāng)。早在解放前，是資中（球溪）到仁壽和成都的重要交通“干道”。境內(nèi)河道屬球溪河上游第二大流域。這里的五座山峯，好似五匹駿馬在奔馳。穿山洞（孽龍現(xiàn)身”、“獅子跳舞”、“龍獅戲水”、“滴水成珠”）滴水巖、白巖洞、夜明洞、李家崖山洞、兵洞、石包山、鳳凰咀、九道拐等景觀神奇絕妙。這些大自然賦與的景觀，千姿百態(tài)，栩栩如生，真可謂鬼斧神工，堪稱一絕。滿山遍野的清見果樹枝葉茂盛，四季長青，碩果累累。這里有山有水，有花有果，傳說神奇，環(huán)境優(yōu)美，是鄉(xiāng)村旅游、田園觀光、休閑娛樂的好地方。
堅持“以農(nóng)為主，統(tǒng)籌城鄉(xiāng)”為主線，打造“一線一中心一環(huán)區(qū)”，率先在全縣建立生態(tài)良好、經(jīng)濟效益明顯的現(xiàn)代農(nóng)業(yè)清見產(chǎn)業(yè)體系，將新店清見基地建設為天府仁壽“清見經(jīng)濟效益+生態(tài)建設效益”同步發(fā)展模式的先導區(qū)。進一步加強產(chǎn)業(yè)示范基地保護與建設、產(chǎn)業(yè)開發(fā)與區(qū)域經(jīng)濟發(fā)展關系，以自然生態(tài)、產(chǎn)業(yè)生態(tài)的保護與提升為根本，以市場需求為導向，以鄉(xiāng)村旅游為契機，借清見蓬勃發(fā)展之勢，融入清見文化核心元素，進行產(chǎn)業(yè)與景觀的對接，形成產(chǎn)、景、文一體的綜合示范區(qū)。把現(xiàn)有的“中國清見之鄉(xiāng)”打造為譽滿神州的“中國清見文化之鄉(xiāng)”。
2019年，撤銷中農(nóng)鎮(zhèn)和新店鄉(xiāng)，設立新店鎮(zhèn)，以原中農(nóng)鎮(zhèn)和原新店鄉(xiāng)所屬行政區(qū)域為新店鎮(zhèn)的行政區(qū)域，新店鎮(zhèn)人民政府駐田壩街81號。