地名由來：因該地原屬于穆陽人民公社，地處白云山南，有穆陽溪穿過，畬族人居多，故取名“穆云”，有“畬族云集”之義。
2020年5月，穆云畬族鄉(xiāng)被確定為2020年農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)強(qiáng)鎮(zhèn)建設(shè)名單。
2020年4月，穆云畬族鄉(xiāng)被確定為2019年度福建省鄉(xiāng)村振興重點(diǎn)特色鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。
2016年12月，國(guó)家民委命名穆云畬族鄉(xiāng)為第四批全國(guó)民族團(tuán)結(jié)進(jìn)步創(chuàng)建活動(dòng)示范單位。
福安市轄鄉(xiāng)。1958年設(shè)穆陽公社，1984年建穆云畬族鄉(xiāng)。位于市境西部，距市府30公里。面積116.8平方公里，人口2.5萬。轄桂林、洋坪、燕科、虎頭、溪塔、高嶺、黃儒、上洋、玉林、雙溪、南山、咸福、蟾溪、龜鳳、外壟、外洋、外厝、下村、上村、里樓、溫巖、燕坑、嶺坑、橋溪、貴洋、王樓、梨田、下逢、翁洋、科后、隆坪、中岙、竹州山33個(gè)村委會(huì)。鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)有軋鋼廠。農(nóng)業(yè)主產(chǎn)水稻、薯類，兼產(chǎn)水蜜桃、茶葉、竹木。
歷史沿革：
1949年屬第四公所。
1955年屬穆陽區(qū)公所。
1958年屬穆陽人民公社。
1961年改屬穆陽區(qū)。
1966年拆區(qū)并社又改為穆陽人民公社。
1984年10月，從穆陽公社析出設(shè)立穆云畬族鄉(xiāng)人民政府。