地名由來：轄區(qū)內(nèi)有三條河流匯集（沙坪河、左里河、右里河），為瑤族聚居區(qū)，故名。
2022年10月，廣東省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳認(rèn)定三水瑤族鄉(xiāng)為2022年廣東省“一村一品、一鎮(zhèn)一業(yè)”專業(yè)鎮(zhèn)（茶葉）。
2022年1月，廣東省鄉(xiāng)村振興局確定三水瑤族鄉(xiāng)為2021年廣東省鄉(xiāng)村治理示范鄉(xiāng)鎮(zhèn)創(chuàng)建單位。
三水瑤族鄉(xiāng)位于連州市的西北部，東與本市瑤安瑤族鄉(xiāng)相連，南接本市豐陽鎮(zhèn)，西與湖南省的藍(lán)山縣交界，北與湖南省的藍(lán)山縣、臨武縣接壤。三水瑤族鄉(xiāng)是于1986年11月15日經(jīng)廣東省人民政府批準(zhǔn)成立的少數(shù)民族鄉(xiāng)，是全省七個(gè)散居民族鄉(xiāng)之一，鄉(xiāng)政府駐地在三江口。全鄉(xiāng)轄4個(gè)村委會(huì)，32個(gè)村民小組。至2005年7月止，全鄉(xiāng)總?cè)丝跒?823人（其中瑤族1412人）。全鄉(xiāng)總面積139.1平方公里。
歷史沿革：
明代中葉，就有瑤胞居住，以盤、趙二姓為主。
盤姓祖先法仁，法佐兩兄弟，曾在在廣西當(dāng)官，因種族歧視而辭官，流落異地，后經(jīng)連州往北遷徙到三水云霧洞定居。
民國時(shí)期，屬三區(qū)新建鄉(xiāng)。
1953年，設(shè)三水瑤族自治鄉(xiāng)。
1959年，歸豐陽人民公社，稱三水大隊(duì)、新八大隊(duì)。
1983年，設(shè)三水、新八瑤族鄉(xiāng)，屬豐陽區(qū)。
1986年，撒區(qū)設(shè)鄉(xiāng)，再把三水、新八合并為三水瑤族鄉(xiāng)。