地名由來：以駐地航埠村得名。村以明時有大量橘子運向外埠，遂建水陸碼頭，故名航埠。
2021年12月，衢州市公布航埠鎮(zhèn)為2021年度衢州市健康鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
2021年10月，航埠鎮(zhèn)上榜2021年全國千強鎮(zhèn)名單，排名第921位。
2020年7月，全國愛衛(wèi)會命名航埠鎮(zhèn)為2017-2019周期國家衛(wèi)生鄉(xiāng)鎮(zhèn)（縣城）。
2017年1月，航埠鎮(zhèn)被浙江省人民政府列入浙江省第三批小城市培育試點名單。
2014年7月，航埠鎮(zhèn)被國家住房城鄉(xiāng)建設部等七部委確定為全國重點鎮(zhèn)。
航埠鎮(zhèn)地處浙江西部，距衢州市區(qū)10公里，320國道線和常山港橫貫全境，是浙、贛、皖三省通衢的咽喉，1997年被定為浙江省小城鎮(zhèn)綜合改革試點鎮(zhèn)、浙江省中心鎮(zhèn)之一，是全國創(chuàng)建文明村鎮(zhèn)工作先進單位和首屆中國鄉(xiāng)鎮(zhèn)投資環(huán)境300佳，擁有浙江省包裝材料專業(yè)工業(yè)園區(qū)。全鎮(zhèn)總面積66.42平方公里，5.2萬人口，集鎮(zhèn)建成區(qū)2.2平方公里，集鎮(zhèn)人口1.1萬，工業(yè)園區(qū)規(guī)劃總面積為1.25平方公里，2002年實現(xiàn)國內(nèi)生產(chǎn)總值1.82億元。這里有開放、優(yōu)惠、雙贏的招商政策，有親商、富商、安商的投資環(huán)境。
北二藍氏宗祠
時代；清地址：浙江省衢州市柯城區(qū)航埠鎮(zhèn)北二村，該祠是浙江省境內(nèi)保存最為完整的畬族宗祠。宗祠建于明崇禎年間（1628年），面積650平方米，建筑工藝精湛,布局合理。清嘉慶14年重修后廳，咸豐7
歷史沿革：
明，屬臨江鄉(xiāng)，隸西安縣。
1915設第第十一區(qū)（航埠區(qū)）。
1920年，改稱航埠鄉(xiāng)。
1936年設航埠鎮(zhèn)。
1942年改設航埠鄉(xiāng)（甲級鄉(xiāng)）。
1958年稱航埠管理區(qū)。
1961年為航埠公社。
1984年復設航埠鄉(xiāng)。
1985年稱航埠鎮(zhèn)，名稱沿用至今。