地名由來：清末，山東鄆城災民逃荒來此，在微山湖西岸開荒種地，按來的先后順序分段種地建村，本村在第五段，故名五段。鎮(zhèn)政府駐地位于五段村，因而得名五段鎮(zhèn)。
2021年10月，南京大學空間規(guī)劃研究中心、阿里研究院聯(lián)合發(fā)布2021年淘寶鎮(zhèn)名單，五段鎮(zhèn)榜上有名。
2020年12月，五段鎮(zhèn)入選2020年度江蘇省衛(wèi)生鎮(zhèn)（村）名單。
2020年9月，阿里研究院公布2020年淘寶鎮(zhèn)，五段鎮(zhèn)榜上有名。
2018年12月，第二批江蘇省生態(tài)文明建設示范鎮(zhèn)村名單出爐，五段鎮(zhèn)上榜。
2017年9月，江蘇省商務廳確定五段鎮(zhèn)為第三批江蘇省農(nóng)村電子商務示范鎮(zhèn)。
2014年6月，環(huán)境保護部授予五段鎮(zhèn)2012—2013年度國家級生態(tài)鄉(xiāng)鎮(zhèn)稱號。
沛縣轄鎮(zhèn)。清道光年間山東鄆城、巨野一批災民徙此，分段開墾農(nóng)田，五段為民團團部駐地，1953年屬銅山縣余莊區(qū)，1955年劃歸沛縣張寨區(qū)，1957年建五段鄉(xiāng)，1958年改公社，1985年復鄉(xiāng)，1996年建鎮(zhèn)。位于縣境東南部，距縣城18公里。面積56平方公里，人口4.1萬。徐沛、沛五公路從鎮(zhèn)中穿過，京杭運河、順堤河、蘇北堤河、五段河、八段河在境內(nèi)縱橫交錯。轄七段、六段、后六段、五段、農(nóng)科站、后五段、前四段、四段、高莊、三段、張莊、劉莊、許口、孟廟、彭窯、余莊、龍?zhí)?、姜莊18個村委會。農(nóng)業(yè)以種養(yǎng)業(yè)為主，盛產(chǎn)魚蝦，微山湖四鼻孔鯉魚馳名全國。
歷史沿革：
1957年設五段鄉(xiāng)。
1958年9月成立五段人民公社。
1983年7月復置五段鄉(xiāng)。
1996年3月撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)，沿用至今。