地名由來：相傳舊時此地為一片花櫟樹林，其間建有寺廟取名“花林寺”。
2022年11月，文化和旅游部確定花林寺鎮(zhèn)為第二批全國鄉(xiāng)村旅游重點鎮(zhèn)（鄉(xiāng)）。
2020年7月，全國愛衛(wèi)會命名花林寺鎮(zhèn)為2017-2019周期國家衛(wèi)生鄉(xiāng)鎮(zhèn)（縣城）。
遠安縣轄鎮(zhèn)。1956年為花林鄉(xiāng)，1958年設(shè)城關(guān)公社，1975年改為花林公社，1980年更名為花林寺公社，1987年設(shè)花林寺鎮(zhèn)。位于縣境南部，距縣府7公里。面積219.8平方公里，人口2萬。荷(花)當(陽)公路縱貫中部。轄花林寺、桃李、木瓜鋪、魏家崗、慈化、雷電、三孔、金鳳、柿樹埫、龍鳳、姜家坪、鳳陽、安寧、吳家坪、太平、羅家堰、瓦屋崗、魏家沖、遠宜、寶華、橫巖坪、譚家埫、長嶺崗、長鳳、高樓25個村委會。農(nóng)業(yè)以種植水稻、小麥、玉米、油菜為主，土特產(chǎn)有茶葉、板栗、梨、柿、核桃。鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)有煤炭開采、木材加工、建材等行業(yè)。.
寶華海會之塔
寶華海會之塔位于花林寺鎮(zhèn)寶華寺村一組，2011年入選宜昌市第四批文物保護單位。
龍鳳山寺遺址
龍鳳山寺遺址位于遠安縣花林寺鎮(zhèn)龍鳳村一組，2011年入選宜昌市第四批文物保護單位。
歷史沿革：
春秋戰(zhàn)國時期為楚國封地。
公元140年屬臨沮（高安、遠安）縣管轄。
元朝屬南鄉(xiāng)。
明屬豐泉里。
清朝時，麻羊河以南屬清溪鋪、木瓜鋪村一帶屬木瓜鋪，花林寺村一帶屬后砦鋪。
1921年屬南鄉(xiāng)，1934年為第二區(qū)，轄11聯(lián)保、31保、316甲，1941年劃為清溪鄉(xiāng)、龍華鄉(xiāng)。
1948年8月6日，遠安縣解放，設(shè)太平鄉(xiāng)、清溪鄉(xiāng)，屬遠安縣第一區(qū)管轄。
1950年6月，花林區(qū)域內(nèi)設(shè)12個小鄉(xiāng)，1955年1月，第一區(qū)政府由城關(guān)遷址花林寺，下轄仍為12個小鄉(xiāng)，1956年3月，將石頭店以下的柳林、三橋、清溪、巒峰等地劃歸當陽縣。
1956年夏秋，分設(shè)花林鄉(xiāng)、高樓鄉(xiāng)，轄25個高級農(nóng)業(yè)合作社。
1958年9月公社化時為幸福公社，轄花林、高樓、太平、龍鳳四個大隊（管理區(qū)級）。
1961年5月正式成立花林區(qū)公所，轄花林、花園、舊縣、龍泉、高樓、太平、龍鳳七個管理區(qū)、52個大隊。
1975年3月，成立花林人民公社管理委員會，將鳳山、汪家、花園、季家等大隊劃歸城關(guān)鎮(zhèn)管理，將安鹿、高巖、董家、鹿苑、紅巖等大隊劃歸舊縣公社管理。
1981年更名為花林寺人民公社管理委員會。
1984年更名為花林寺區(qū)公所。
1987年撤區(qū)并鄉(xiāng)設(shè)立花林寺鎮(zhèn)。
2003年11月，鎮(zhèn)治由花林寺遷址石頭店。