地名由來(lái)：馬樹(shù)為彝語(yǔ)“馬書(shū)”漢譯地名，意為一片湖泊沼澤之地。
2022年12月，云南省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳評(píng)定馬樹(shù)鎮(zhèn)為2022年云南省綠美鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
2021年3月，馬樹(shù)鎮(zhèn)入選2020年云南省衛(wèi)生鄉(xiāng)鎮(zhèn)名單。
2014年7月，馬樹(shù)鎮(zhèn)被國(guó)家住房城鄉(xiāng)建設(shè)部等七部委確定為全國(guó)重點(diǎn)鎮(zhèn)。
巧家縣轄鄉(xiāng)。位于縣境東南部。1963年為馬樹(shù)區(qū)，1970年建公社，1984年改區(qū)，1988年改鄉(xiāng)。面積291.2平方公里，人口2.7萬(wàn)。大巧公路南北過(guò)境。轄馬樹(shù)、木橋、小河塘、八皮、小米地、孔家營(yíng)、老箐、草皮地8個(gè)行政村。以農(nóng)牧業(yè)為主，飼養(yǎng)業(yè)以牛、羊、生豬為多。農(nóng)產(chǎn)玉米、馬鈴薯、蕎、麥、油菜、烤煙，特產(chǎn)核桃、木漆。工業(yè)以糧油加工為主，手工藝品有花紅氈。有銅、鐵、煤礦藏。境內(nèi)有馬樹(shù)國(guó)營(yíng)林場(chǎng)。
馬樹(shù)濕地
清末之前的馬樹(shù)曾是一個(gè)彝漢混居且被彝族同胞長(zhǎng)期統(tǒng)治的地方。彝語(yǔ)叫“馬書(shū)”、漢語(yǔ)的意思是“一片沼澤地”。后來(lái)隨著時(shí)間推移和歷史的變遷，由彝語(yǔ)的“馬書(shū)”演變成了今天漢語(yǔ)的馬樹(shù)，意為馬多樹(shù)多的地方
歷史沿革：
清初，為馬書(shū)伙目地，后為歸治里頭甲地。
民國(guó)二十八年（1939年），為四區(qū)轄地。
民國(guó)二十九年（1940年），廢區(qū)，擴(kuò)大鄉(xiāng)鎮(zhèn)，區(qū)改鎮(zhèn)。
1950年，屬包谷垴區(qū)。
1953年，由包谷垴區(qū)劃出成立楊梅山區(qū)。
1962年，夏改楊梅山區(qū)。
1963年，楊梅山、河橋、水磨、黃草坪、白沙地、白龍磨、地得卡、樹(shù)補(bǔ)8小公社劃歸東川市（今會(huì)澤縣），改稱(chēng)馬樹(shù)區(qū)。
1969年，改馬樹(shù)公社。
1984年，復(fù)稱(chēng)馬樹(shù)區(qū)。
1988年，改為馬樹(shù)鄉(xiāng)。
劃出爐房、嚕布、荒田、雞嚕、魯?shù)碌?村加上新建的底里村另置爐房鄉(xiāng)。
2002年9月，成立馬樹(shù)鎮(zhèn)。