地名由來：因位居北端，地勢最高，多水仙花，得名花腦，后諧音演變?yōu)榛B。另一說因島形似飛鳥展翅，山上花草叢生得名，疑為望文生義之嫌。
2020年7月，全國愛衛(wèi)會命名花鳥鄉(xiāng)為2017-2019周期國家衛(wèi)生鄉(xiāng)鎮(zhèn)（縣城）。
2012年12月，環(huán)境保護部授予花鳥鄉(xiāng)2010—2011年度國家級生態(tài)鄉(xiāng)鎮(zhèn)稱號。
花鳥鄉(xiāng)地處國際航道，位于舟山群島的最北端，馬鞍列島北部，四面環(huán)海，東鄰公海，南與壁下相望，西南與綠華一港之隔，同嵊山漁港遙遙相對，距嵊泗縣城菜園鎮(zhèn)２６．５公里?；B以島建鄉(xiāng)，有花鳥山及其周圍１１個島嶼組成，除花鳥山外，其余均為人島嶼，陸地面積３．２８平方公里，環(huán)島海岸線長１７．１６公里，下轄花鳥村、燈塔村２個行政村。全鄉(xiāng)總戶數(shù)８２６戶，總?cè)丝冢玻矗常比耍瑣u上建有遠東第一大燈塔――花鳥燈塔，該燈塔屬全國重點文物保護單位?；B島海拔２３６．８米是嵊泗縣第一高峰。
花鳥島海域遼闊，漁業(yè)水產(chǎn)資源豐富，有鰻魚、真鯛魚、帶魚、虎頭魚、石斑魚、蝦、蟹等。岸潮線盛產(chǎn)淡菜、紫菜、螺貝、澡類。全鄉(xiāng)經(jīng)濟以漁業(yè)為主，目前，擁有各種類型漁船１１５艘，分別從事帆布網(wǎng)、漲、溜、拖、釣、養(yǎng)及籠捕等多種作業(yè)，是嵊泗漁業(yè)作業(yè)分布最廣的鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
建國５０年來，特別是改革開放２０年來，花鳥鄉(xiāng)的經(jīng)濟和社會各項事業(yè)的發(fā)展取得了明顯的成效，人民居住環(huán)境和生活質(zhì)量明顯改善，精神文明建設(shè)和民主法制建設(shè)成效明顯。二００三年七月，花鳥鄉(xiāng)再次（連續(xù)第四次）榮獲""市雙擁模范鄉(xiāng)""稱號，二０００年五月，被市政府命名為村民自治模范鄉(xiāng)。
歷史沿革：
宋元稱石弄山，宋乾道《四明圖經(jīng)》卷七：“石弄山，在縣東北九百五十里，山石玲瓏，東西相懸，人可出入。”宋寶慶《四明志》卷二十：“石弄山，在東北；山石玲瓏，故以名?！泵魅f歷《兩浙海防類考續(xù)編》卷一載為“花腦山”，清代改稱花鳥。
現(xiàn)當?shù)孛癖娙远嗨追Q花腦。
清康熙二十七年（1688）屬定?？h蓬萊鄉(xiāng)。
二十九年（1690）劃歸江蘇省崇明縣。
1934年與東、西綠華島合置花洛鄉(xiāng)。
1950年11月析置花鳥鄉(xiāng)。
以主島花鳥山島得名。
1956年3月與洛華鄉(xiāng)復置花洛鄉(xiāng)。
是年9月復析為花鳥鄉(xiāng)。
1958年為嵊泗人民公社花鳥生產(chǎn)大隊。
1962年建花鳥人民公社。
1984年復為鄉(xiāng)。