地名由來：“巴丹吉林”系蒙古語，“巴丹”是由巴岱（人名）演變而來，“吉林”（吉仁音譯）是數(shù)詞，即“六十”。幾百年前，有一名叫巴岱的牧民居住在巴丹吉林沙漠的大沙山旁，發(fā)現(xiàn)60個大小不一的海子，后人為紀念他故稱巴丹吉林沙漠。巴丹吉林鎮(zhèn)因轄區(qū)內(nèi)著名的巴丹吉林沙漠而得名。
2022年6月，巴丹吉林鎮(zhèn)被授牌命名為平安內(nèi)蒙古建設(shè)示范蘇木鄉(xiāng)鎮(zhèn)（街道）。
2019年10月，2019年度全國綜合實力千強鎮(zhèn)榜單公布，巴丹吉林鎮(zhèn)位列第361名。
2020年9月，巴丹吉林鎮(zhèn)上榜2019中國西部百強鎮(zhèn)，位列第83位。
2016年1月，巴丹吉林鎮(zhèn)入選第三批美麗宜居小鎮(zhèn)示范名單。
2015年7月，巴丹吉林鎮(zhèn)入選第三批全國特色景觀旅游名鎮(zhèn)名村示范名單。
2014年7月，巴丹吉林鎮(zhèn)被國家住房城鄉(xiāng)建設(shè)部等七部委確定為全國重點鎮(zhèn)。
巴丹吉林鎮(zhèn)，即內(nèi)蒙古自治區(qū)阿拉善右旗政府所在地，阿拉善右旗政治、經(jīng)濟、文化和社會活動中心。原名額肯呼都格鎮(zhèn)，幾年來，隨著改革開放和社會經(jīng)濟的日益發(fā)展，巴丹吉林鎮(zhèn)已成為集工業(yè)、農(nóng)業(yè)、交通、服務(wù)業(yè)為一體的新型城鎮(zhèn)。
2011年5月24日，根據(jù)內(nèi)政字[2011]143號《內(nèi)蒙古自治區(qū)人民政府關(guān)于阿拉善右旗額肯呼都格鎮(zhèn)更名為巴丹吉林鎮(zhèn)的批復(fù)》，阿盟阿右旗旗府所在地額肯呼都格鎮(zhèn)被批復(fù)更名為巴丹吉林鎮(zhèn)。
廢止的舊地名“額肯呼都格”系蒙古語，意為“上井子”或“第一個井”。1961年5月25日，阿右旗正式成立，黨政機關(guān)駐呼和達布蘇（今雅布賴鹽化公司舊址）；1965年9月，阿右旗將旗府所在地遷至額肯呼都格；1979年11月，額肯呼都格鎮(zhèn)成立，旗府所在地地名由此沿用至今?！鞍偷ぜ帧毕得晒耪Z，“巴丹”是由巴岱（人名）演變而來，“吉林”（吉仁音譯）是數(shù)詞，即六十。幾百年前，有一名叫巴岱的牧民居住在巴丹吉林沙漠的大沙山旁，歷盡艱辛在這片沙漠中發(fā)現(xiàn)六十個大小不一的海子，后人為紀念他故稱巴丹吉林沙漠。
巴丹吉林沙漠總面積4.92萬平方公里，其中71%的面積在阿右旗境內(nèi)。巴丹吉林沙漠是阿右旗最重要的旅游資源，而由于旗府所在地地名與景點名稱不一致，致使獨特的自然資源不能充分發(fā)揮品牌宣傳作用，中心城鎮(zhèn)游客量一直處在較低水平，在一定程度上影響了旅游業(yè)和相關(guān)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。
額肯呼都格鎮(zhèn)被批復(fù)更名為巴丹吉林鎮(zhèn)，將進一步體現(xiàn)地名的地方旅游文化特色，充分發(fā)揮巴丹吉林旅游品牌效應(yīng)，打造巴丹吉林沙漠旅游名鎮(zhèn)，促進地方旅游業(yè)品牌化發(fā)展，從而實現(xiàn)社會效益、經(jīng)濟效益、文化效益的共贏。