地名由來：牙屯堡鎮(zhèn)因明清時期，屯和堡都是駐扎軍隊的地方，該地長期駐扎一名屯兵副官，牙是偏將，也是副將，故名。
牙屯堡鎮(zhèn)位于通道侗族自治縣西部，東靠雙江鎮(zhèn)，西連大高坪苗族鄉(xiāng)，北臨地陽坪、菁蕪洲鎮(zhèn)。境內(nèi)山峰連綿，海拔800米以上的山峰有3座，最高峰冷水坡海拔925米。牙屯堡河貫穿全境流程約15公里。枝柳鐵路貫穿境內(nèi)長11公里，設(shè)牙屯堡火車站。該鎮(zhèn)以境內(nèi)駐地牙屯堡村得名。
解放前屬貴州黎平縣管轄，1951年劃入通道縣。1952年，第二區(qū)政府駐地由田家遷駐于牙屯保。1956年置牙屯堡鄉(xiāng)，1958年改為牙屯堡公社，1984年改為鄉(xiāng)，自1996年5月合團頭鄉(xiāng)為鎮(zhèn)，至今建為開放的新鎮(zhèn)。
歷史沿革：
民國時期，屬貴州黎平縣。
1951年，劃入通道縣。
1954年，屬通道侗族自治縣。
1956年，設(shè)牙屯堡鄉(xiāng)。
1958年，牙屯堡鄉(xiāng)改為牙屯堡公社。
1984年，由牙屯堡公社改為牙屯堡鄉(xiāng)。
1996年5月，牙屯堡鄉(xiāng)與團頭鄉(xiāng)合并為牙屯堡鎮(zhèn)。