地名由來(lái)：原名通玄，得之寺名，清避康熙玄燁諱，以“元”代“玄”，故名通元。
2022年3月，通元鎮(zhèn)被命名為2021年度嘉興市平安鎮(zhèn)（街道）。
2021年12月，通元鎮(zhèn)被命名為2021年浙江省衛(wèi)生鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
2021年10月，通元鎮(zhèn)上榜2021年全國(guó)千強(qiáng)鎮(zhèn)名單，排名第916位。
2021年10月，南京大學(xué)空間規(guī)劃研究中心、阿里研究院聯(lián)合發(fā)布2021年淘寶鎮(zhèn)名單，通元鎮(zhèn)榜上有名。
2021年5月，嘉興市鄉(xiāng)村振興領(lǐng)導(dǎo)小組認(rèn)定通元鎮(zhèn)為第一批嘉興市鄉(xiāng)村振興示范鎮(zhèn)（街道）。
2021年5月，通元鎮(zhèn)被列入2021年度浙江省美麗城鎮(zhèn)建設(shè)樣板創(chuàng)建名單（農(nóng)業(yè)特色型）。
2021年1月，浙江省關(guān)注森林組織委員會(huì)命名通元鎮(zhèn)為“2020年度浙江省森林城鎮(zhèn)”。
2020年9月，阿里研究院公布2020年淘寶鎮(zhèn)，通元鎮(zhèn)榜上有名。
2019年1月，通元鎮(zhèn)被認(rèn)定為2018年度浙江省美麗鄉(xiāng)村示范鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
通元鎮(zhèn)位于海鹽縣西南部，東與秦山鎮(zhèn)相交，南與澉浦鎮(zhèn)為鄰，西與海寧市袁花鎮(zhèn)接壤，北與武原、于城二鎮(zhèn)相連，境內(nèi)嘉興東西大道由東北向西南過境，于六公路南北貫穿，又是六平申線航道的起點(diǎn)，交通便利。鎮(zhèn)人民政府設(shè)在通元集鎮(zhèn)南街。
農(nóng)業(yè)生產(chǎn)主要以糧油、蠶繭、畜牧業(yè)為主，蠶繭和畜牧業(yè)是農(nóng)民收入的主要來(lái)源。近年來(lái)效益農(nóng)業(yè)發(fā)展較快，家禽養(yǎng)殖、湖羊養(yǎng)殖業(yè)、蔬菜花卉、茶葉四大效益農(nóng)業(yè)基地已初具規(guī)模，全年家禽存欄可達(dá)20萬(wàn)羽，出欄可達(dá)50萬(wàn)羽。加強(qiáng)農(nóng)業(yè)基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)，開展規(guī)模為1.87萬(wàn)畝的土地整理工程，建成標(biāo)準(zhǔn)農(nóng)田1.32萬(wàn)畝，新建改建機(jī)站9座，修筑硬化渠道11.8公里，完成河道整治11公里，提高了農(nóng)業(yè)生產(chǎn)抗災(zāi)奪豐收能力。
工業(yè)生產(chǎn)以服裝、燈泡、電器電線、毛紡織造、建材等行業(yè)為主。全年實(shí)現(xiàn)工業(yè)總產(chǎn)值25億元，合同利用外資602萬(wàn)美元，引進(jìn)縣內(nèi)外企業(yè)17家，引進(jìn)內(nèi)資2700萬(wàn)元。工業(yè)區(qū)平臺(tái)建設(shè)步伐加快，全年共征用土地421畝，出讓土地148畝。浙江虎溪水泥有限公司為縣重點(diǎn)骨干企業(yè)，嘉興繁榮電器有限公司、星都照明有限公司、三馬發(fā)展有限公司、九曲港電工器材有限公司為縣小型巨人企業(yè)。
全鎮(zhèn)各項(xiàng)社會(huì)事業(yè)建設(shè)力度加大。年內(nèi)，共硬化村級(jí)道路7.45公里，改建民間橋梁25座，維修20座，鎮(zhèn)育才橋建成通車。教育事業(yè)進(jìn)一步發(fā)展，順利通過了省“教育強(qiáng)鎮(zhèn)”的復(fù)查驗(yàn)收。全面推行鎮(zhèn)村衛(wèi)生一體化管理工作，建立了14個(gè)社區(qū)服務(wù)站和1個(gè)社區(qū)服務(wù)中心。積極開展職工養(yǎng)老保險(xiǎn)擴(kuò)面工作。扎實(shí)地開展“雙建設(shè)、雙整治”工作和城鄉(xiāng)一體化工作，整治農(nóng)村環(huán)境衛(wèi)生，安息堂建設(shè)、農(nóng)村改廁、改水工作、村科技文化活動(dòng)室建設(shè)等都取得了階段性成果，進(jìn)一步美化了農(nóng)村生活環(huán)境。積極開展有線電視入戶工程，入戶率達(dá)到56%，切實(shí)提高了廣大人民群眾的生活質(zhì)量。
漂母墩遺址
漂母墩遺址位于海鹽縣通元鎮(zhèn)鎮(zhèn)北村，遺址由土墩和周圍水田所組成，四周環(huán)水，面積約三萬(wàn)平方米，中部地勢(shì)略高。遺址土墩高6米，包含崧澤文化晚期、良渚及馬橋文化時(shí)期的文化層，土墩周圍水田中有厚約0.
重建望龍橋
重建望龍橋位于通元鎮(zhèn)通北村望龍橋自然村，年代為1927年，類別為近現(xiàn)代史跡。2010年6月11日，重建望龍橋被公布為海鹽縣文物保護(hù)單位。
西長(zhǎng)浜遺址
西長(zhǎng)浜遺址位于通元鎮(zhèn)聯(lián)新村西長(zhǎng)浜自然村，年代為新石器時(shí)代，類別為古遺址。2010年6月11日，西長(zhǎng)浜遺址被公布為海鹽縣文物保護(hù)單位。
葛山遺址
葛山遺址位于通元鎮(zhèn)雪水港村葛山東部南坡，年代為馬橋文化-東周，類別為古遺址。2010年6月11日，葛山遺址被公布為海鹽縣文物保護(hù)單位。
重建永寧橋
重建永寧橋位于通元鎮(zhèn)通元村韓家橋東80米處，年代為清，類別為古建筑。2010年6月11日，重建永寧橋被公布為海鹽縣文物保護(hù)單位。
三友高地遺址
三友高地遺址位于通元鎮(zhèn)三友村高地自然村，年代為新石器時(shí)代，類別為古遺址。2000年5月22日，三友高地遺址被公布為海鹽縣文物保護(hù)單位。
歷史沿革：
唐屬海鹽縣尚父鄉(xiāng)，后入德政鄉(xiāng)。
清末屬通元區(qū)。
民國(guó)21年（1932）始為建制鎮(zhèn)。
建國(guó)初仍為通元鎮(zhèn)，1950年4月分為通元鄉(xiāng)、通南鄉(xiāng)。
1956年3月并為通元鄉(xiāng)。
1958年10月建通元公社。
1958年11月劃歸海寧縣管轄。
1961年10月恢復(fù)海鹽縣建制后仍為通元公社。
1983年10月撤銷通元公社，復(fù)置通元鄉(xiāng)。
1985年8月撤銷鄉(xiāng)建制，設(shè)立通元鎮(zhèn)。
2001年10月，撤銷石泉鎮(zhèn)建制，并入通元鎮(zhèn)。