地名由來：原為北鹵溝。居住在溝邊的群眾，以淌鹽鹵為生。后有朝廷官員路過此處，用北鹵的諧音，起了個吉慶的名字“百祿溝”，由此得名。
2018年12月，第二批江蘇省生態(tài)文明建設(shè)示范鎮(zhèn)村名單出爐，百祿鎮(zhèn)上榜。
2018年12月，江蘇省愛衛(wèi)會命名百祿鎮(zhèn)為2018年度江蘇省衛(wèi)生鎮(zhèn)（村）。
百祿鎮(zhèn)位于灌南縣東南，地處連云港、鹽城、淮安三市交界處。境內(nèi)水陸交通便利，一帆河貫穿全境，穿越境內(nèi)的307省道分別與204國道、寧連高速公路相互交匯。全鎮(zhèn)總面積105.02平方公里，耕地4126公頃，轄24個行政村，總?cè)丝?.05萬人。2004年完成國內(nèi)生產(chǎn)總值0.86億元，增長20%，實現(xiàn)財政收入392萬元，農(nóng)民人均純收入3043元，人均增收103元。全鎮(zhèn)已形成初具特色的萬畝淺水藕基地和萬畝林木基地，連同近2萬畝優(yōu)質(zhì)粳稻作物，構(gòu)成全鎮(zhèn)的農(nóng)業(yè)支柱產(chǎn)業(yè)。特別是淺水藕基地在2004年拿到了全國唯一的綠色產(chǎn)品基地證書，“白蓮”牌淺水藕馳譽國內(nèi)外。年底引進(jìn)的鑫盛銅材廠，總投資達(dá)4000萬元，預(yù)計年實現(xiàn)稅收可達(dá)1000萬元以上。
歷史沿革：
明、清時屬準(zhǔn)安府安東縣（今漣水）。
民國初年（1912年），分屬漣水縣四區(qū)和漣東縣三區(qū)。
1949-1957年，屬漣水縣百祿區(qū)。
1958年3月，劃歸灌南縣，并改為百祿人民公社。
1983年9月，改為百祿鄉(xiāng)。
1987年5月，撤鄉(xiāng)，改置百祿鎮(zhèn)。
2005年4月，小窯鄉(xiāng)并入。