地名由來(lái)：清初開(kāi)始?jí)ɑ?，境?nèi)新開(kāi)了四家小店，人們約定俗成地稱之為新店，故名。
2015年12月，江蘇省商務(wù)廳確定新店鎮(zhèn)為首批江蘇省農(nóng)村電子商務(wù)示范鎮(zhèn)。
2012年12月，環(huán)境保護(hù)部授予新店鎮(zhèn)2010—2011年度國(guó)家級(jí)生態(tài)鄉(xiāng)鎮(zhèn)稱號(hào)。
如東縣轄鎮(zhèn)。1958年成立新店公社，1983年改鄉(xiāng)，1996年建鎮(zhèn)。位于縣境西南部，距南通興仁機(jī)場(chǎng)25公里。面積52平方公里，人口2.2萬(wàn)。通洋公路過(guò)境，九洋河通航。轄新西、新南、雙豐閘、夾路、砂石井、益民、深河、三角渡、北窯、方潭、豐字河、新橋、新中、孫橋、雙虹橋、鶴頸灣、垛橋、月池、北新橋、新聯(lián)、天水、墩港22個(gè)村委會(huì)。農(nóng)業(yè)以種養(yǎng)業(yè)為主，水特產(chǎn)養(yǎng)殖較發(fā)達(dá)。.
歷史沿革：
1959年，更名為新店人民公社。
1983年，改置新店鄉(xiāng)。
1996年，撤鄉(xiāng)，改置新店鎮(zhèn)。
2000年，湯園鄉(xiāng)并入。
沿用至今。