地名由來：民國三年張謇集股建立“大有晉墾牧公司”，開墾三份荒地，留一份搞鹽業(yè)，即“墾三余一”；又因公司地處余東、余中、余西三鹽場(chǎng)之北，故名三余。
2021年10月，三余鎮(zhèn)上榜2021年全國千強(qiáng)鎮(zhèn)名單，排名第602位。
2012年12月，環(huán)境保護(hù)部授予三余鎮(zhèn)2010—2011年度國家級(jí)生態(tài)鄉(xiāng)鎮(zhèn)稱號(hào)。
通州市轄鎮(zhèn)。1957年為新余鄉(xiāng)，1958年更名三余公社，1983年改鄉(xiāng)，1984年鄉(xiāng)鎮(zhèn)合并設(shè)三余鎮(zhèn)。位于市境東北部，距市府30公里。面積40.4平方公里，人口3.8萬。省道掘青公路與金三公路在境內(nèi)交會(huì)，團(tuán)結(jié)河與三余豎河交錯(cuò)。轄菜園、三余、齊樂、中義、大樂、斗爭、貢安、光榮、大興、中心、鎮(zhèn)北、紅專、紅星、前進(jìn)、合力、立新、鎮(zhèn)西、士文、新民、鎮(zhèn)東、一社、永興、新南23個(gè)村委會(huì)和鎮(zhèn)北、中心2個(gè)居委會(huì)。農(nóng)業(yè)以種植糧、棉為主，鰻魚苗、文蛤?yàn)樘禺a(chǎn)。企業(yè)產(chǎn)品有油咀、油泵、高檔皮毛機(jī)。
張謇[jiǎn]（1853年7月1日～1926年8月24日），字季直，號(hào)嗇庵，漢族，祖籍江蘇常熟，生于江蘇省海門市長樂鎮(zhèn)（今海門市常樂鎮(zhèn)）。清末狀元，中國近代實(shí)業(yè)家、政治家、教育家，主張“實(shí)業(yè)救國”。中國棉紡織領(lǐng)域早期的開拓者，上海海洋大學(xué)……張謇詳細(xì)信息++
大有晉墾區(qū)格局
大有晉墾區(qū)格局位于通州灣示范區(qū)三余鎮(zhèn)向陽街（三余鎮(zhèn)糧食管理所內(nèi)），為南通市文物保護(hù)單位。保護(hù)范圍：整個(gè)院落。建設(shè)控制地帶：周邊為建成民宅或農(nóng)田，不適宜劃定建設(shè)控制地帶。
三門閘
三門閘位于通州灣示范區(qū)三余鎮(zhèn)恒興至環(huán)本遙望港南側(cè)三門閘河，為南通市文物保護(hù)單位。保護(hù)范圍：東西向覆蓋整個(gè)橋面。建設(shè)控制地帶：周邊為水面或道路，不需要?jiǎng)澏ńㄔO(shè)控制地帶。
歷史沿革：
民國三年張謇集股建立“大有晉墾牧公司”廢灶興墾，筑堤建閘，劃框分窕，種青改壤，久而久之便形成了三余鎮(zhèn)。
1958年建立三余人民公社。
1962年鎮(zhèn)社分治，建三余、北興橋、恒興三個(gè)人民公社，同時(shí)建三余鎮(zhèn)。
1983年三余公社改設(shè)三余鄉(xiāng)，1984年撤三余鄉(xiāng)與三余鎮(zhèn)合并，統(tǒng)稱三余鎮(zhèn)。
2001年忠義鄉(xiāng)并入。
2007年2月北興橋、海晏并入成立現(xiàn)在的三余鎮(zhèn)。