地名由來：傈僳語“馬”為竹子，“吉”為根，意即“竹根地”。因當(dāng)?shù)厥a(chǎn)金竹林得名。
2021年3月，馬吉鄉(xiāng)入選2020年云南省衛(wèi)生鄉(xiāng)鎮(zhèn)名單。
2020年11月，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部認(rèn)定馬吉鄉(xiāng)為第十批全國(guó)一村一品示范村鎮(zhèn)（草果）。
福貢縣轄鄉(xiāng)。1973年設(shè)馬吉公社，1988年改鄉(xiāng)。位于縣境最北部，距縣城62公里，沿怒江而居。瓦(窯)貢(山)公路過境。人口0.9萬。轄馬吉、古當(dāng)、木加甲、馬吉米、喬底、旺基獨(dú)7個(gè)行政村。農(nóng)業(yè)以種植玉米、水稻為主。
全鄉(xiāng)國(guó)土面積502.75平方千米。耕地面積15452.5畝，其中水田499畝，旱地14643.2畝。全鄉(xiāng)有林地612027畝，點(diǎn)總土地面積的78.28%。
歷史沿革：
民國(guó)時(shí)期，稱安樂鄉(xiāng)、拉馬底鄉(xiāng)，后稱普利鄉(xiāng)。
1951年10月1日，成立馬吉鄉(xiāng)。
1952年，改馬吉區(qū)。
1958年，改馬吉公社。
1963年，改為四區(qū)。
1968年后，改為五一六公社。
1973年，恢復(fù)馬吉公社。
1984年，馬吉公社改區(qū)。
1988年，改馬吉鄉(xiāng)。