地名由來：因境內(nèi)龜山、蛇山二阜之間凹入馬鞍，又合稱馬嶼山，以山名鎮(zhèn)。
2022年8月，馬嶼鎮(zhèn)入選為2022年度溫州市水美鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
2022年4月，馬嶼鎮(zhèn)入選2022年農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)強(qiáng)鎮(zhèn)創(chuàng)建名單。
2021年12月，浙江省民政廳認(rèn)定馬嶼鎮(zhèn)為浙江省革命老區(qū)鄉(xiāng)鎮(zhèn)（街道）。
2021年12月，馬嶼鎮(zhèn)被命名為2021年浙江省文化強(qiáng)鎮(zhèn)（街道）。
2021年10月，馬嶼鎮(zhèn)上榜2021年全國千強(qiáng)鎮(zhèn)名單，排名第938位。
2021年10月，南京大學(xué)空間規(guī)劃研究中心、阿里研究院聯(lián)合發(fā)布2021年淘寶鎮(zhèn)名單，馬嶼鎮(zhèn)榜上有名。
2021年5月，馬嶼鎮(zhèn)被列入2021年度浙江省美麗城鎮(zhèn)建設(shè)樣板創(chuàng)建名單（縣域副中心型）。
2020年9月，阿里研究院公布2020年淘寶鎮(zhèn)，馬嶼鎮(zhèn)榜上有名。
2019年12月，2019年度浙江省美麗鄉(xiāng)村示范鄉(xiāng)鎮(zhèn)名單公布，馬嶼鎮(zhèn)榜上有名。