地名由來：光緒年間此地興集，得名新溝集，后稱新溝。
2022年1月，江蘇省愛國衛(wèi)生運動委員會命名新溝鎮(zhèn)為2021年江蘇省衛(wèi)生鎮(zhèn)。
2021年1月，江蘇省生態(tài)環(huán)境廳命名新溝鎮(zhèn)為第三批江蘇省生態(tài)文明建設示范鎮(zhèn)村。
新溝鎮(zhèn)，屬鹽阜革命老區(qū)，地處黃海之濱，里下河平原。位于阜寧縣城西郊6公里，射陽河傍系南北，小中河腰系東西，阜益路縱貫境內(nèi)，水陸交通十分便捷。境內(nèi)四季分明，氣候溫和，雨量充沛，物產(chǎn)豐富。全鎮(zhèn)下轄17個行政村和1個居委會，總面積72．5平方公里，耕地4400G頃，人口5萬人。
近年來，新溝鎮(zhèn)黨委、政府緊緊圍繞“富民強鎮(zhèn)、跨越發(fā)展”的宏偉目標，只爭朝夕，搶抓機遇，大力發(fā)展工業(yè)主體經(jīng)濟，建成了工業(yè)項目集中區(qū)，形成了輕紡服裝、白酒釀造、機械閥門、木材加工等一批支柱產(chǎn)業(yè)。農(nóng)業(yè)上不斷加快產(chǎn)業(yè)結構調(diào)整步伐，建立全縣第一家農(nóng)業(yè)科技示范園區(qū)，成為全縣意楊栽植、種苗繁育、蠶桑生產(chǎn)等特色種植基地和苗豬、草雞養(yǎng)殖基地。積極推進產(chǎn)業(yè)化經(jīng)營，目前全鎮(zhèn)已有糧食加工企業(yè)20多家，木板加工企業(yè)近30家，禽蛋加工近20家，形成了小中、大沙河等多家糧食、苗豬交易市場。同時，該鎮(zhèn)還抓住加快小城鎮(zhèn)建設的機遇，形成了“三橫三縱”的小城鎮(zhèn)建設格局。目前，全鎮(zhèn)文化、科技、衛(wèi)生、教育、郵政電信、金融等社會事業(yè)和服務行業(yè)一派繁榮；全鎮(zhèn)形成了村村通水泥路面的交通網(wǎng)絡。小城鎮(zhèn)街道寬敞整潔，商業(yè)網(wǎng)點星羅棋布，各種商品琳瑯滿目，環(huán)境優(yōu)美怡人，顯現(xiàn)出一派繁華的現(xiàn)代集鎮(zhèn)風貌，被評為全國綠化百強鎮(zhèn)和江蘇省先進文化鎮(zhèn)。
歷史沿革：
1940年10月，屬阜寧縣抗日民主政權第一區(qū)。
1941年10月，改屬第二區(qū)。
1942年，夏屬吉溝區(qū)。
1943年初，復屬第二區(qū)。
1944年末，建立新溝區(qū)。
1946年7月，改屬第三區(qū)，年底改屬新第二區(qū)。
1947年8月，為新溝區(qū)。
1956年2月，并入陳集區(qū)。
1957年8月，設立新溝鄉(xiāng)。
1958年9月，與陳集鄉(xiāng)合并成立陳集先進公社，后改名新溝先進公社。
1959年4月，析出陳集公社。
1983年，復置新溝鄉(xiāng)。
1995年6月，撤銷新溝鄉(xiāng)設立新溝鎮(zhèn)。