地名由來：境域內農團山上有一飛龍峽景區(qū)，飛龍峽山體如斷臂大佛，水形似游弋烈龍，民間傳說有佛抱飛龍，斷臂為景之說，故而得名。撤銷農團鄉(xiāng)、漆樹鄉(xiāng)時，以其而鎮(zhèn)名。
2023年1月，四川省愛衛(wèi)辦確定飛龍峽鎮(zhèn)為2022年四川省衛(wèi)生鄉(xiāng)鎮(zhèn)（街道）。
2019年，撤銷農團鄉(xiāng)和漆樹鄉(xiāng)，設立飛龍峽鎮(zhèn)，以原農團鄉(xiāng)和原漆樹鄉(xiāng)所屬行政區(qū)域為飛龍峽鎮(zhèn)的行政區(qū)域，飛龍峽鎮(zhèn)人民政府駐俞沖市街144號。
歷史沿革：
民國18年（1929）以鄉(xiāng)建團，以團統(tǒng)甲，漆樹鄉(xiāng)屬協(xié)和團，屬宜賓縣白花鎮(zhèn)管轄。
民國29年（1940）撤銷聯(lián)保制，改協(xié)合團為漆樹鄉(xiāng)。
1950年8月，分漆樹鄉(xiāng)第三保、五保、六保建農團鄉(xiāng)，由宜賓縣管轄。
同年12月，漆樹、新民2鄉(xiāng)合并為漆樹鄉(xiāng)。
1958年8月，漆樹、農團2鄉(xiāng)合并為漆樹公社。
1959年8月，由宜賓縣劃歸自貢市郊區(qū)（今自貢市沿灘區(qū)）管轄。
1960年2月，漆樹公社并入俞沖公社，同年12月撤俞沖公社復置漆樹公社。
1962年2月，漆樹公社劃出原農團鄉(xiāng)分置。
2005年8月，由沿灘區(qū)劃入自流井區(qū)。
2019年9月，撤銷農團鄉(xiāng)、漆樹鄉(xiāng)，設立飛龍峽鎮(zhèn)。
飛龍峽鎮(zhèn)是撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)后的新興鄉(xiāng)鎮(zhèn)，現(xiàn)行政區(qū)域為原漆樹鄉(xiāng)和原農團鄉(xiāng)的行政區(qū)域。
早在1958年7月原漆樹鄉(xiāng)與原農團鄉(xiāng)就曾合并為漆樹人民公社，由宜賓縣管轄，行政區(qū)域與現(xiàn)在的飛龍峽鎮(zhèn)相同，1962年2月農團鄉(xiāng)從漆樹人民公社劃出單獨設立行政單位。
2019年9月，根據(jù)省市區(qū)關于鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃調整改革工作的要求，原漆樹鄉(xiāng)和原農團鄉(xiāng)，優(yōu)化了鄉(xiāng)鎮(zhèn)布局，合并為飛龍峽鎮(zhèn)，重塑了經濟地理格局。