地名由來：取肇興之源之意；另說取兩肇（肇州、肇東）之本源含義；又據(jù)《中國地名由來詞典》：以金太祖完顏旻在此破遼，肇基王績得名；1936年改郭爾羅斯后旗，1956年復(fù)名。
2021年12月，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部認(rèn)定肇源縣為全國第六批率先基本實現(xiàn)主要農(nóng)作物生產(chǎn)全程機械化示范縣（市、區(qū)）。
2021年11月，肇源縣入選2022年水系連通及水美鄉(xiāng)村建設(shè)試點縣名單。
2021年5月，根據(jù)第七次全國人口普查結(jié)果，肇源縣人口數(shù)量為33.03萬人，位列大慶市各縣區(qū)人口數(shù)量排行榜第2位，位列黑龍江各縣市區(qū)人口數(shù)量排行榜第28位，位列全國各縣市區(qū)人口數(shù)量排行榜第1630位。
2021年1月，2020年鄉(xiāng)村振興傳播影響力縣區(qū)排名發(fā)布，肇源縣位列第465名。
2020年6月，肇源縣列入第二批革命文物保護利用片區(qū)分縣名單（東北抗日聯(lián)軍片區(qū)）。
2019年10月，肇源縣被農(nóng)業(yè)部命名為“第二批國家農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全縣”。
2019年8月，緊密型縣域醫(yī)療衛(wèi)生共同體建設(shè)試點縣名單出爐，肇源縣榜上有名。
肇源縣是黑龍江省大慶市的一個縣原名后郭爾羅斯，位于黑龍江省西南部、松嫩兩江左岸，長春、哈爾濱、大慶“金三角”的中心，隸屬于大慶市。是金太祖“肇基王績”之地，有著6000多年的文明，幅員面積4119.5平方公里。[20]肇源縣一個多民族縣份，21個民族，轄16個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，6個農(nóng)林牧漁場。根據(jù)第七次人口普查數(shù)據(jù)，截至2020年11月1日零時，肇源縣常住人口為330340人。
肇源縣轄8個鎮(zhèn)、8個鄉(xiāng)，福興鄉(xiāng)、三站鎮(zhèn)、薄荷臺鄉(xiāng)、二站鎮(zhèn)、和平鄉(xiāng)、肇源鎮(zhèn)、頭臺鎮(zhèn)、大興鄉(xiāng)、浩德蒙古族鄉(xiāng)、義順蒙古族鄉(xiāng)、古龍鎮(zhèn)、新站鎮(zhèn)、民意鄉(xiāng)、茂興鎮(zhèn)、超等蒙古族鄉(xiāng)、古恰鎮(zhèn)。以及立陡山良種場、新立良種場、經(jīng)作場、種畜場、茂興湖水產(chǎn)養(yǎng)殖場。共有11個社區(qū)居委會、138個村委會。
肇源縣氣候?qū)儆诒睖貛Т箨懶詺夂颍募痉置?，光照條件好，冬季寒冷干燥，溫差懸殊，少病蟲害。年均降水量在600mm左右，水源豐沛，處于黑龍江省第一積溫帶上限，年有效積溫2900℃-3100℃，無霜期可達(dá)165天，作物生長季節(jié)日照總數(shù)達(dá)1295.6小時。是黑龍江省第一積溫帶，年有效積溫2900-3100℃，氣溫適宜，雨量豐足，光熱資源居黑龍江省之首。
肇源縣屬大慶油田區(qū)域，地下蘊藏著大量石油、天然氣等礦產(chǎn)資源，2013年已探明油氣總儲量達(dá)7億噸。地上有鹽堿和建筑工程砂、黃粘土、火硝等。2021年8月26日，肇源縣古龍鎮(zhèn)發(fā)現(xiàn)了預(yù)測地質(zhì)儲量12.68億噸的超大陸相頁巖油田。
歷史沿革：
金天會八年（1130），在出河店（今茂興鎮(zhèn)南“昂喇勒”古城）設(shè)置肇州。
元屬遼陽行省開元路，隸屬肇州屯田萬戶府管轄。
明屬奴兒干都司，后為郭爾羅斯部游牧地。
清初，清順治五年（1648），設(shè)郭爾羅斯后旗，隸屬哲里木盟。
清光緒三十年（1904），設(shè)立北郭爾羅斯荒務(wù)行局，辦理荒務(wù)。
清光緒三十二年（1906），設(shè)置肇州廳，駐“駱駝脖子”（今肇源鎮(zhèn)）。
1934年8月，肇州縣城（今肇源鎮(zhèn)）被洪水沖毀，偽肇州縣公署遷駐老城基（今肇州鎮(zhèn)）。
同年12月，郭爾羅斯后旗改隸濱江省。
1935年8月27日，偽郭爾羅斯后旗公署由老爺屯（今肇東市四站鎮(zhèn)東興村）遷至肇源（即肇州舊縣城，今肇源鎮(zhèn)）。
同年9月，將肇東縣第三區(qū)的大部分地區(qū)劃歸郭爾羅斯后旗管轄。
1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭勝利后，初隸哈西專區(qū)，1946年3月劃歸吉江行政區(qū)。
同年4月，將八里、四興（今四站鎮(zhèn)）、向陽、三星、同仁村劃歸新設(shè)置的樂安縣管轄；6月劃歸嫩江省管轄。
1947年2月至9月，由黑嫩聯(lián)合省第四專區(qū)管轄。
黑嫩聯(lián)合省分開后，仍歸嫩江省管轄。
1949年5月，黑嫩兩省合并后，歸黑龍江省直轄。
1956年4月11日，國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷郭爾羅斯后旗，改設(shè)肇源縣，縣政府駐肇源鎮(zhèn)。
1958年8月，劃歸松花江專區(qū)管轄。
1965年6月，由綏化專區(qū)管轄。
1992年8月21日，國務(wù)院批準(zhǔn)，劃歸大慶市領(lǐng)導(dǎo)。