地名由來：1940年析沙縣、永安縣、明溪縣置三元縣，因設(shè)治于三元鎮(zhèn)，故名；相傳唐朝安氏一胎三子，名龍?jiān)?、虎元、豹元，英杰著名，故名三元?/p>
2022年4月，教育部確定三元區(qū)為2021年全國義務(wù)教育優(yōu)質(zhì)均衡先行創(chuàng)建縣（市、區(qū)）。
2021年5月，根據(jù)第七次全國人口普查結(jié)果，三元區(qū)人口數(shù)量為18.79萬人，位列三明市各縣市區(qū)人口數(shù)量排行榜第7位，位列福建省各縣市區(qū)人口數(shù)量排行榜第70位，位列全國各縣市區(qū)人口數(shù)量排行榜第2249位。
2021年2月，福建省2018-2020年度省級(jí)文明城市名單出爐，三元區(qū)上榜。
2019年3月，三元區(qū)列入第一批革命文物保護(hù)利用片區(qū)分縣名單（原中央蘇區(qū)片區(qū)）。
三元區(qū)為三明市中心城區(qū)，是原中央蘇區(qū)縣，下轄1鄉(xiāng)4鎮(zhèn)和7個(gè)街道，總面積1154平方公里，截止2021年年末戶籍人口29.98萬人，常住人口40.9萬人。是三明市政治、經(jīng)濟(jì)、文化中心，是閩西北重要交通樞紐和內(nèi)地連接沿海重要通道，經(jīng)機(jī)場(chǎng)、動(dòng)車、高速等可實(shí)現(xiàn)2小時(shí)內(nèi)抵達(dá)省內(nèi)各地市，3小時(shí)內(nèi)進(jìn)入“長三角”“珠三角”經(jīng)濟(jì)圈?！笆奈濉逼陂g，三元區(qū)將著力打造“活力新三元幸福山水城”。
三元是活力工業(yè)之城。是全省首批服務(wù)業(yè)綜合改革試點(diǎn)縣區(qū)，有鋼鐵及高端裝備制造、氟硅新材料、稀土新能源、資源循環(huán)利用、生物醫(yī)藥、食品加工等主導(dǎo)產(chǎn)業(yè)。轄區(qū)有4個(gè)省級(jí)經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)，黃砂新材料循環(huán)經(jīng)濟(jì)產(chǎn)業(yè)園為省級(jí)“首批化工園區(qū)”，有三農(nóng)新材料、金氟化工、安美奇鋁業(yè)、盛達(dá)化工等氟硅新材料龍頭企業(yè)；有泉三高端裝備產(chǎn)業(yè)園，小蕉開發(fā)區(qū)是國家級(jí)循環(huán)化改造示范園區(qū)；吉口循環(huán)經(jīng)濟(jì)產(chǎn)業(yè)園，正打造全國氟新材料綠色產(chǎn)業(yè)基地；新建的大坂現(xiàn)代物流園將建成市區(qū)規(guī)模最大、功能最齊全的現(xiàn)代物流園；以及在建的三明智能機(jī)械裝備產(chǎn)業(yè)園。
三元是綠色宜居之城。森林覆蓋率79.8%，居全省前列，擁有世界上面積最大、純度最高的原始栲林格氏栲，被譽(yù)為“綠色明珠”；主要流域水質(zhì)均到達(dá)Ⅲ類以上標(biāo)準(zhǔn)，空氣質(zhì)量優(yōu)良天數(shù)比例超過99%，是全國平均水平的5倍；全域風(fēng)景秀麗，旅游資源豐富，有瑞云山、格氏栲、萬壽巖等國家4A級(jí)景區(qū)，格氏栲森林康養(yǎng)基地入選首批國家森林康養(yǎng)基地。
三元是文明實(shí)踐之城。是全國群眾性精神文明創(chuàng)建發(fā)祥地，總結(jié)提煉的“六聯(lián)六建”精神文明創(chuàng)建經(jīng)驗(yàn)，受到原中央領(lǐng)導(dǎo)同志肯定；是三明市國家文明城、旅游城、園林城、衛(wèi)生城、雙擁模范城、社會(huì)治安綜合治理優(yōu)秀城等“六城”同創(chuàng)的主體和直接受益者；境內(nèi)發(fā)現(xiàn)的萬壽巖18萬年前古人類文化遺址，為習(xí)近平總書記在閩工作時(shí)親自批示保護(hù)，有“閩人之源”和“南方周口店”之稱，萬壽巖遺址博物館為國家三級(jí)博物館。
歷史沿革：
三元始屬沙縣地域，明成化年間(1465-1478)為沙縣二十二都的一個(gè)村莊，明代中葉才辟墟設(shè)鎮(zhèn)。
1939年1月4日，成立三元特種區(qū)署（為二等區(qū)署），直屬福建省政府。
2月1日正式對(duì)外辦公。
1940年設(shè)置三元縣，屬第二行政督察區(qū)。
1947年始，三元縣屬第六行政督察區(qū)。
1956年7月，三元、明溪兩縣合并設(shè)置三明縣。
1959年2月，三明縣與福建省三明重工業(yè)建設(shè)委員會(huì)合并，設(shè)三明人民公社籌備委員會(huì)(地級(jí))。
1960年1月，原三元縣區(qū)域設(shè)立省轄三明市（地級(jí)），三明縣（原明溪縣域）劃歸三明市管轄。
1970年，三明專區(qū)改稱三明地區(qū)，三明市屬三明地區(qū)。
1983年5月，三明地區(qū)撤銷，地轄三明市改設(shè)為省轄三明市，為三明市轄三元區(qū)。
2021年2月撤銷梅列區(qū)、三元區(qū)，成立新的三明市三元區(qū)。